EmplDocs бесшовно интегрируется с системами 1С (1С:ЗУП, 1С: ЗГУ, 1С: ERP). В интеграции с «1С:Бухгалтерия 8» представлена возможность работать с авансовыми отчетами. Также имеется возможность настройки обмена данными с различными системами кадрового учета клиента (1С:Управление холдингом , 1С: Комплексная автоматизация, Босс-кадровик, SAP) и корпоративными порталами (Битрикс24).
Клиент может интегрировать решение в свои внутренние корпоративные порталы используя открытый
API EmplDocs или встроить интерфейс EmplDocs в них.